Ótimo tutorial sobre como descobrir qual a codificação de um arquivo em Linux, ou para mudar o tipo de codificação: http://mindspill.net/computing/linux-notes/determine-and-change-file-character-encoding.html
Por exemplo, recentemente necessitei alterar milhares de arquivos em ASCII para UTF-8, e consegui isso de uma tacada só usando o seguinte comando: recode -f UTF-8 *.xml. Note que nesse caso eu estava trabalhando com arquivos em XML. Mas deve funcionar com qualquer tipo de arquivo de texto.



